小程序论文查重是指利用小程序平台提供的查重工具进行文本查重，具有操作简便、快速等特点。而学术查重则是指利用学术平台进行文疑似抄袭文献的查重，具有更专业、全面的特点。小程序查重适合快速查重，学术查重适合深度查重。

另外，小程序论文查重通常是免费或收费较低的，适合普通用户使用；而学术查重需要购买学术的服务或使用高校提供的账号进行查重，相对收费较高。在查重结果的准确性和全面性上，学术查重往往会更胜一筹，因为其拥有更多的文献资源和查重算法。